虽然我国在节水灌溉和水肥一体化方面取得了一定成就，但在推进水肥一体化方面仍存在许多问题，主要表现在以下几个方面：

节水灌溉基础设施薄弱。近年来，虽然国家高度重视水利建设，不断加大节水灌溉投入，但水肥一体化投资成本较高，我国农业基础设施薄弱，农业灌溉设施落后。为了促进全国水肥一体化，需要大量的资本投资和政策支持。同时，水肥一体化水溶性肥料成本高，研发不足。与巨大的资金缺口相比，政府对水肥一体化的支持远远不够。

农民意识淡薄。促进水肥一体化有赖于农民的支持与合作。然而，由于受教育水平的限制，农民有着强烈的羊群心理，并根据自己的灌溉和施肥习惯，因此，农民普遍接受水肥一体化仍然需要一个过程。

节水灌溉系统与化肥不配套。目前，节水灌溉企业与水溶性肥料生产企业之间存在着分离，缺乏沟通、沟通与合作，没有形成良好的协调体系，节水灌溉系统在发展和推广中没有考虑肥料问题。对肥料及应用系统的研发没有明确的要求。推广适合普通肥料的灌溉系统；

水肥一体化系统不适应当地条件。全国各地的水文地质条件、种植条件和灌溉习惯差别很大，一个地方推广的成功的水肥一体化系统可以在另一个地方“适应”。

缺乏农药技术人员。由于农业产业化是一个弱质产业，支付的工资多，支付的工资少，愿意从事农业产业化的人少，导致农业技术人员短缺。农民也缺乏施肥和灌溉知识。此外，没有农化人员的跟踪服务，水肥一体化带来的问题无法及时解决，增加了推广的难度。