水肥一体化是节水灌溉系统和施肥系统的有机结合，目前大多数节水灌溉系统和水溶性肥料生产企业都是独立的矩阵，缺乏沟通、合作和良好的合作体系。

目前，大多数化肥企业只注重化肥的质量和销售，对水溶性肥料不同灌溉方式的不同要求认识不清。大多数灌溉设备企业在设计节水灌溉系统时只为农民提供了一个“框架”，水肥项目没有充分考虑施肥，推广与配套施肥方案没有有效结合，因此不能推荐农民如何选择肥料。

目前，我国化肥企业和灌溉设备企业更注重销售，服务较少，技术指导较少。与传统肥料相比，水溶性肥料是一种新产品，农民对其认识甚少。水肥技术刚刚起步，相关技术体系不完善，农民缺乏有效的技术培训。

由于农民缺乏有关施肥和灌溉的知识，企业没有专业的农化人员监测服务，水肥施用问题无法及时解决，在一定程度上增加了水肥推广的难度。