作物不仅能生产生物量，还会经历许多物候期。数学模型根据作物的物候发育阶段将产生的同化物分配给不同的作物器官。对于这种分配，模型根据DVS调整分配因子(在作物输入数据中)。例如小麦，只要DVS<0.3，同化物的主要是分配给根和叶，而当DVS >1时，所有同化物分配给果实或谷粒。

在数学模拟中可以描述不同的作物种类和品种的生长期同化物分配比例。例如，小麦品种在开花前具有相对较长的生长时期(TSUM1值较大)，从开花到成熟期具有相对较短的生长期(TSUM2值较小)，导致绿色生物量大、粮食产量低，因此收获指数相对较低。对于较高的小麦产量，高产品种应生产较少的绿色生物量，并应在较长的时期内生产和灌浆谷物，从而提高谷物产量与总生物量的比率。

在数字模型中，将产生的同化物分配到不同的作物器官去是十分重要的，主要有两个原因: 首先，它决定叶质量，从而决定叶面积指数和光截获；其次，它决定经济产品(谷物、根等)的分配，以及产量水平和收获指数。开花日期越早，叶片质量和叶面积指数越低，因此总生物产出量越少。当然同时可能花期越早收获指数越高，产量也越高。最长的生长持续时间导致最高的总生物产出量。如果总生物产出量不太高(如：在树冠太大的情况下，维持呼吸造成了高同化物的损失)，最高产量只对应最长的籽粒灌浆期。

如同化物在对不同作物器官的模拟分配明显出现不同于图像观测或实测到的同化物分配，并且主要物候期(即出苗、开花、成熟)的日期模拟良好的情况下，需要改变作物数据文件中的分配因子。例如模拟收获指数(籽粒产量/总地上生物量)远低于观察值。分配因子被调整到计算结果能够再重现现场图像观察或实测到的收获指数为止。